Se localiza en el extremo sur occidente del Estado de México.

La cabecera municipal de Malinalco se encuentra a 65 kilómetros de la ciudad de Toluca y a 95 kilómetros del DF.

Limita al norte con los Municipios de Joquicingo y Ocuilan, al sur con los municipios de Zumpahuacán y Tetecala (Estado de Morelos), al este con el municipio de Miacatlán (Morelos) y al oeste con Tenancingo.

El municipio ocupa 199.30 kilómetros cuadrados lo que representa el 0.89 % del territorio estatal.